Pracę duszpasterską na terenie Ołtarzewa i Ożarowa zapoczątkowali Księża Pallotyni, którzy przybyli tutaj w roku 1927. W Parku Towarzystwa Miłośników Ołtarzewa stał dworek pp. Kacprzyckich, którzy część tego dworku oddali na kaplicę, w której pallotyni zaczęli prowadzić działalność duszpasterską i katechetyczną dla mieszkańców Ołtarzewa, Ożarowa oraz przyległych wiosek. Była to filia kościoła parafialnego w Żbikowie. Parafia ołtarzewska została erygowana w roku 1939 dekretem arcybiskupa Stanisława Galla przy kaplicy w parku ołtarzewskim należącym do wspomnianego wyżej Towarzystwa. Pierwszym jej proboszczem był ks. Romuald Kozłowski. Jednak w tymże samym roku na początku działań wojennych kaplica ta została całkowicie zniszczona. Odtąd miejscem modlitwy stała się jedna z sal w Wyższym Seminarium Duchownym Księży Pallotynów (obecny refektarz) zamieniona na kaplicę, podczas gdy cały gmach został zajęty przez okupanta na szpital dla rannych żołnierzy niemieckich. W tym samym czasie urządzono również kaplicę w domu p. Walerii Karczmarskiej przy ul. Zamojskiego. Odprawiano też Msze Święte w świetlicy Huty Szkła w Ożarowie.

Po zakończeniu działań wojennych Kuria Metropolitarna otrzymała w Ożarowie plac pod budowę kościoła. Na tym placu wybudowano drewniany barak, który w roku 1946 został poświęcony przez ks. bpa Zygmunta Choromańskiego. Opiekę duszpasterską objęli Księża diecezjalni. Barak ten służył jako miejsce kultu aż do roku 1986, pełniąc funkcję kościoła parafialnego. Ówczesny proboszcz ks. Emil Skrzecz w roku 1952 w pobliżu tejże kaplicy wybudował plebanię. Dnia 1 stycznia 1971 roku parafię pod wezwaniem Św. Stanisława Kostki w Ożarowie Mazowieckim objęli Księża Pallotyni.

W 1977 roku przedstawiono na ręce wojewody warszawskiego prośbę o wydanie zezwolenia na podjęcie budowy kościoła. Jego Eminencja Ksiądz Kardynał Stefan Wyszyński – ówczesny Prymas Polski parafię ożarowską powierzył na stałe Księżom Pallotynom. Od tego momentu pallotyni rozpoczęli bezpośrednie przygotowania do budowy świątyni, która miała stać się wotum wdzięczności za ocalenie Stowarzyszenia Apostolstwa Katolickiego oraz całej Ojczyzny z nawałnicy drugiej wojny światowej. W tymże roku 1977 rozpoczęto budowę nowej plebani i kościoła. W roku 1980 odbyła się uroczystość położenia „kamienia węgielnego”, poświęconego przez Papieża Pawła VI. Dokonał tego Ks. Kardynał Stefan Wyszyński, Prymas Polski. W roku 1985 do pełnienia funkcji liturgicznych został przygotowany kościół dolny pod wezwaniem NMP Matki Emanuela. Kościół górny zaś został ukończony i konsekrowany w roku 1989 przez Prymasa Polski Kardynała Józefa Glempa. Architektami byli: Franciszek Bednarz, Leszek Klajnert, Janusz Maliszewski. Witraże wykonali: Michał Zaborowski, Andrzej Janota. Prace stolarskie: Ryszard Soroka. Konsultantem ze strony Stowarzyszenia Księży Pallotynów był ks. prof. Stanisław Kobielus. Działalność Księży Pallotynów na terenie Ołtarzewa i Ożarowa trwa już blisko 100 lat.

Dnia 6 kwietnia 1997 r. Ksiądz Prymas Józef Kardynał Glemp podniósł Kościół pod wezwaniem Miłosierdzia Bożego do rangi Sanktuarium.

21 października 2009 roku podczas Uroczystej Eucharystii dziękowaliśmy Panu Bogu za 20 rocznicę konsekracji naszej świątyni. Eucharystii przewodniczył Ksiądz Prymas Józef Kardynał Glemp, który tę świątynię konsekrował i ustanowił Archidiecezjalne Sanktuarium Miłosierdzia Bożego.